Στους άμεσους στόχους του Συνδέσμου είναι η ενεργός συμμετοχή του στα γενικά δρώμενα που αφορούν το ΓΕΣΥ, η διασφάλιση της υγιούς λειτουργίας των φαρμακαποθηκών, ενόψει και των νέων δεδομένων που διαμορφώνονται στον τομέα της υγείας με την εισαγωγή του ΓΕΣΥ. Στα ίδια πλαίσια ο Σύνδεσμος αποσκοπεί στην ποιοτική αναβάθμιση των υπηρεσιών που αφορά την εφοδιαστική αλυσίδα φαρμάκων προς όφελος του κοινού και ιδιαίτερα των ασθενών.